La Constitution garantit l’indépendance des magistrats. Elle est également une exigence de l’article 6 de la Convention des droits de l’homme pour assurer le caractère équitable du procès.

Il faut toutefois distinguer entre l’indépendance des magistrats du siège (soit, au sens large, les juges) et celle des magistrats du parquet (soit le ministère public, c’est-à-dire les procureurs).

Les juges sont indépendants dans l’exercice de leurs compétences juridictionnelles, soit à l’occasion des jugements ou des arrêts qu’ils rendent. Nul ne peut leur donner d’instruction, même au sein des juridictions où ils exercent leurs fonctions. Toute décision disciplinaire à leur égard ne peut être prise que par une juridiction, sous le contrôle de la Cour de cassation (qui est même la seule à pouvoir décider de la destitution d’un juge) ; ni le pouvoir exécutif ni le pouvoir législatif ne peuvent sanctionner un juge.

Les procureurs sont indépendants dans l’exercice des recherches et poursuites individuelles. Ils sont donc en principe libres de décider s’ils poursuivent ou s’ils classent un dossier (sauf l’hypothèse où un juge d’instruction a été saisi : ce sera alors à la chambre du conseil ou, en cas d’appel, à la chambre des mises en accusation, de décider de la suite à réserver au dossier).

L’indépendance des procureurs a toutefois des limites. Ils forment des corps hiérarchisés. Ils peuvent donc recevoir des instructions de leur chef de corps, même si à l’audience les procureurs retrouvent leur liberté de parole (selon l’adage « leur plume est serve mais leur parole est libre »). D’autre part, s’il ne peut pas leur interdire d’exercer des poursuites (c’est-à-dire leur adresser des injonctions négatives), le ministre de la Justice peut leur ordonner de poursuivre (c’est-à-dire leur adresser des injonctions positives) et leur adresser des directives contraignantes de politique criminelle. Enfin, le ministre a le pouvoir de les révoquer.